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文献案例分享通过宏基因组二代测序诊断

作者:佚名    文章来源:本站原创    点击数:    更新时间:2021-7-12

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关键词:献案例分享通过宏基因组二代测序诊

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耶氏肺孢子虫(P.jiroveci)是一种常见的机会性真菌,可在HIV感染患者中引起耶氏肺孢子虫肺炎(PJP),也是HIV阴性免疫低下患者(例如恶性肿瘤,干细胞移植(SCT),实体器官移植,风湿病和呼吸系统疾病)的主要机会性感染病原体。脓肿分枝杆菌(M.abscessus)是非结核分枝杆菌(NTM)的一种生长迅速的分枝杆菌(RGM),是HIV感染患者肺部感染的机会性病原体。在HIV阴性的人群中,脓肿分枝杆菌可感染具有慢性肺部疾病史(例如囊性纤维化和支气管扩张)的患者。脓肿分枝杆菌和耶氏肺孢子虫混合感染肺炎在既往未感染HIV的健康患者中很少有报道。而且因为其非特异性的临床表现和常规诊断方法的不足,脓肿分枝杆菌和耶氏肺孢子虫的诊断仍然具有挑战性。宏基因组二代测序(mNGS)是一种可以直接在临床标本上进行病原体检测的有力工具。它已被用于检测脓肿分枝杆菌和耶氏肺孢子虫。在这份报告中,作者主要描述了一例先前健康的HIV阴性男性,同时感染脓肿分枝杆菌和耶氏肺孢子虫的病例。

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一名先前健康的44岁男性于年2月转至本院就诊,有4个月的咳嗽史和1个月的间歇性发烧史。无相关的移植手术,无明显病史(特别是没有皮质类固醇和免疫抑制药物的病史),也从未出现过任何结核病或慢性肺部疾病。不吸烟,也不酗酒;无慢性肺病的家族病史,也没有武汉的近期旅行历史。医院,宏基因组二代测序(mNGS)在血液中检测到耶氏肺孢子虫和巨细胞病毒(CMV)的核酸序列;抗真菌治疗后(卡泊芬净、甲氧苄啶/磺胺甲噁唑[TMP-SMX]和甲泼尼龙[MP]),患者仍有低氧血症、咳嗽和发热。随后转至本院。入院时胸部CT显示双侧浸润,出现毛玻璃样阴影,碎石路征(图1A1和A2)。图1.入院时(A1、A2)、第9天(B1、B2)、第17天(C1、C2)、第26天(D1、D2)、出院后5个月(E1、E2)行胸部CT检查。

血液检查显示:白细胞计数为9.38×10E9/L,淋巴细胞绝对值(LYMP)为0.65×10E9/L,血红蛋白(Hb)水平为g/L,血小板计数为×10E9/L,天冬氨酸转氨酶(AST)为37IU/L,丙氨酸氨基转移酶(ALT)为40IU/L,血尿素氮(BUN)为5.6mmol/L,血清肌酐为68umol/L。超敏C反应蛋白(hsCRP)为43.2mg/L,降钙素原(PCT)为0.ng/mL。

身体检查显示:血压为/69mmHg,心律为94次/分钟,呼吸频率为25次/分钟,温度为37.7°C,采用高流量鼻导管(HFNC)治疗时血氧饱和度为99%,FiO2为0.55。双侧肺部有湿罗音,无下肢浮肿。心脏和腹部的身体检查正常。动脉血气分析显示pH值为7.45,氧分压(PO2)为mmHg,二氧化碳分压(PCO2)为45mmHg,PaO2/FiO2为mmHg,肺泡一动脉氧分压差(A-aDO2)为mmHg。静脉注射莫西沙星(mg/d),更昔洛韦(mg,每12小时),卡泊芬净(50mg/天),克林霉素(mg,每8小时)和甲泼尼龙(40mg/天),以及口服TMP-SMX(每6小时3片(/mg),每片含80mg甲氧苄啶和mg磺胺甲噁唑)。静脉注射人免疫球蛋白(IVIG)剂量为10g,持续5天。胸腺法新以1.6mg的剂量使用12天。

血清学检查发现乙型和丙型肝炎病毒,HIV和梅毒均呈阴性。痰液抗酸杆菌涂片和分枝杆菌培养均为阴性。GeneXpertMTB/RIF血检结果结核分枝杆菌复合体阴性。痰涂片免疫荧光染色未发现肺孢子虫。血清1,3-β-D-葡聚糖(BDG)水平正常(3.pg/mL)。此外,支气管肺泡灌洗液(BALF)培养未发现细菌或真菌的生长。CMV的DNA拷贝数为9E2copies/mL。乳酸脱氢酶水平为U/L。抗核抗体(ANA),抗双链DNA抗体(dsDNA),抗中性粒细胞胞浆抗体(ANCA)系列和可提取核抗原(ENA)系列均为阴性。外周血细胞的流式细胞仪显示CD3+T细胞/淋巴细胞为86%(正常范围为50%-84%),CD3+CD4+T细胞/淋巴细胞为17%,CD3+CD8+T细胞/淋巴细胞为55%,CD3+CD4+T细胞/CD3+CD8+T细胞为0.31,B细胞/淋巴细胞为12%,NK细胞(CD3-CD16+或CD3-CD56+)/淋巴细胞为2%。促甲状腺刺激激素(TSH)水平正常。将第3天收集的外周血和支气管肺泡灌洗液(BALF)样品进行mNGS测试。mNGS在BALF样本中检测到脓肿分枝杆菌、CMV以及耶氏肺孢子虫;在血液中检测到CMV以及耶氏肺孢子虫(表格1)。

表格1.mNGS在BALF和血液样本中检测到的病原体reads

M.abscessus:脓肿分枝杆菌;P.jirovecii:耶氏肺孢子虫;CMV:巨细胞病毒。

同时,氧饱和度降低至约90%,氧分压降至54mmHg。将莫西沙星(mg/d)改用亚胺培南-西拉司丁钠(1.0g/8h)治疗脓肿分枝杆菌感染。在第6天协同使用利奈唑胺(每12小时mg)抗脓肿分枝杆菌。在第9天,患者停止HFNC,并通过鼻导管进行吸氧治疗,并进行了胸部CT检查,结果显示下肺的浸润和其他肺的吸收均在恶化(图1B1和和B2)。经过治疗,患者仍出现间歇性低烧,最高温度为38.2°C,并且热峰值逐渐降低,第10天体温恢复正常。咳嗽和痰的症状也很明显缓解后,hsCRP降至4.8mg/L,PCT为0.ng/mL。在第12天,患者被转移到普通医疗病房。用莫西沙星(mg/d)、亚胺培南-西拉司丁钠(1.0g/8h)、利奈唑胺(mg/12h)治疗脓肿分枝杆菌感染。卡泊芬净(50mg/d)、TMP-SMX(/mg,每6小时一次)、克林霉素(mg,每8小时一次)和MP(20mg/d)用于治疗PJP。第11天检测的CMV拷贝数低于copies/mL,因此停用更昔洛韦。第17天,MP改为口服16mg/d,连续7天,然后减至12mg/d,连续3天。第17天胸部CT显示有吸收浸润(图1C1和C2)。第18天,白细胞计数降至3×10E9/L,给予重组人粒细胞刺激因子注射液。第20天,停用卡泊芬净,将克林霉素改为口服(剂量为mg/d(每8小时mg)),莫西沙星改为口服(mg/d)。第23天停用利奈唑胺。第26天胸部CT显示肺部感染明显吸收(图1D1和D2)。LYMP升高至1.1×10E9/L,WBC为3.97×10E9/L,AST、ALT、BUN、肌酐正常。第27天,出院(需服用7天的口服药-SMZ/mg/6h,克林霉素mg/8h,MP8mg/d,克拉霉素mg/12h,左氧氟沙星0.5g/d)。抗生素的详细情况和主要病程汇总于图3。出院5个月后,返院复查胸部CT,显示双肺炎症基本完全吸收(图1E1和E2)。在此期间,患者没有出现咳嗽和发烧等症状。

图3.抗生素详细情况及主要病程。

如本文所报道的,与脓肿分枝杆菌和耶氏肺孢子虫共感染的肺炎极为罕见。脓肿分枝杆菌感染可能是耶氏肺孢子虫感染的危险因素。mNGS是病原体检测的有力工具,本病例报告支持mNGS在脓肿分枝杆菌和耶氏肺孢子虫诊断中的价值,并强调了传统诊断方法的不足。

END

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