金秋十月，相约上海。年10月13日至16日，医院顺利举办了“中国感染高通量测序诊断能力提升行动计划”全国第二期线下培训班。

本期培训班以“临床授课+实操培训”的形式进行，共招募了12医院的技术骨干。期间，来自医院各大科室、精准中心的专家们向学员们分享、医院在病原mNGS本地化开展的经验，帮助学员们全面、系统地了解mNGS的基本理论、临床应用及实践操作，助力mNGS检测技术实现本地化开展，医院感染性疾病的综合诊疗能力。

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硬核课程，

全面分享mNGS在各科室的临床应用

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《宏基因组测序在感染性疾病中的应用》

医院感染病科胡必杰教授表示宏基因组测序技术（mNGS）可以很好地解决病原微生物在鉴定、分型、治疗过程中的疗效监测等问题。并通过多个临床病例，展示了mNGS如何协助临床提高感染性疾病的诊断能力，既有预料之中常见菌种的快速诊断，也有意料之外但情理之中的罕见菌感染。

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《宏基因组测序在真菌感染精准诊治中的应用》

医院感染病科潘珏教授指出mNGS不但能做到常见真菌的精准诊治，也能做到罕见真菌的快速诊治。但是因为真菌本身的特性，也造成真菌检验存在一些难点，如破壁困难，影响检测的敏感性；在环境中广泛存在，容易污染从而影响特异性；最佳样本的选择影响检测的准确性。另外，医院，从年开始外送mNGS检测到年9月开始本地化进行mNGS检测，检验速度得到了大幅提升。

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《mNGS在胃肠疾病诊断中的应用》

医院消化科刘红春主任结合临床病例，向学员们分享了mNGS检测在胃肠疾病中的应用，包括不明原因腹泻腹痛、免疫低下状态合并肠道感染、炎症性肠病与感染的鉴别以及利用mNGS检测肠道菌群组成与粪菌移植。

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《肺部肉芽肿病变的诊断及治疗进展》

医院呼吸科李华茵主任通过3个病例，与学员们分享了肺部肉芽肿病变的诊断及治疗进展，并指出在进行肺部肉芽肿病变的诊断过程中，需结合临床表现、体检、实验室检查、影像、微生物检查（传统、分子）、病理、mNGS等进行综合判断。

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《mNGS在石蜡组织中的应用》

医院病理科尚果果博士向学员们分享了mNGS在石蜡组织中的应用，详细介绍了应用石蜡组织进行mNGS检测时的样本采集要求及质量控制，并通过对比石蜡组织与其他样本的mNGS结果，发现主要致病菌是一致的，并且检测结果与病理学可以相互验证，互相补充。

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《肺部感染的分子诊断》

医院呼吸科与危重症医学科宋元林主任通过mNGS组与non-mNGS组的预后比较，发现mNGS组患者因24小时内即可得到检测结果从而更改抗生素方案，存活率高于non-mNGS组。同时，宋主任也强调去人源是一把双刃剑，不建议对所有的标本无差别应用。

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《mNGS在感染防控中的应用》

医院感染管理科高晓东主任指出mNGS在感染防控中的应用场景主要包括：实现传染病的早发现、早报告、早隔离和早治疗；发现感染传播的隐患，如医院水槽；mNGS有助于发现感染传播的隐患，mNGS送检可提高病原学送检率；医院感染暴发。

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《mNGS在脓毒血症诊断中的应用》

医院急诊科宋振举教授指出，脓毒症是急危重症领域的重要临床问题，而高通量测序对于脓毒症病原体早期诊断具有前瞻性、多中心以及观察性研究的价值。但同时临床就如何合理使用mNGS也存在一些困惑，包括样本类型/检测流程、临床不符的阴性/阳性结果、耐药基因检出与耐药表型的关系、未有明确意义的病原体等。

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《病原微生物的培养与鉴定》

医院检验科微生物室周春妹主任表示mNGS和传统微生物技术具有互补性，分享了微生物培养鉴定的现状，包括显色培养基的使用、质谱鉴定、分级报告、血培养直接快速药敏以及综合性分子诊断平台。并指出我们应该提高实验室自动化程度，更好的利用现有设备，优化流程，实现分级报告，缩短TAT，加强临床沟通。

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《基于病因控制的Sepsis的诊疗》

医院重症医学科居旻杰主任表示Sepsis早诊、早治是关键，及时病因控制是关键，尽早明确病原体是基础，mNGS为Sepsis的治疗提供了更为可靠的临床依据。

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《mNGS在肝移植感染病人中的应用》

医院重症医学科王婷主任分享了哪些肝移植患者需要进行mNGS检测，包括病情危重需要尽快确定病原体的患者；合并基础疾病，反复发热的重症感染患者；传统微生物检测技术反复阴性且治疗效果不佳的的患者；疑似特殊病原体感染的患者，长期发热和/或伴有其他临床症状，病因不明感染的患者。

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《mNGS在中枢神经系统感染疾病的应用进展》

医院神经内科冯国栋教授通过一个个病例与我们讲述中枢神经系统感染性疾病如何从经验到精准，这主要包括三个方面。第一，精确判断-找线索，包括接触史、既往史以及现病史；第二，准确诊断-找证据，重点讲述了mNGS在中枢神经系统感染应用中如何进行报告解读；第三，治疗效果-找问题。

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理论结合实践，以考促学，

掌握mNGS实验操作

本期培训，除了临床课程，培训班还为学员们准备了病原宏基因组测序实验室和仪器讲解系列课程，并安排了实操培训，帮助学员们更好地理解、掌握mNGS本地化开展的流程。

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《病原宏基因组测序实验室设计方案》

医院病理科纪元主任针对mNGS检测的具体实验设计、测序平台选择、实验质控体系、质量控制等做了详尽分析。并针对需要建设mNGS本地化检测的实验室，就场地设施的筹划、技术团队的建立、检测资质的报备、仪器设备的使用购买等给出了一些合理建议。

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《mNGS仪器设备等使用维护介绍》

华大因源董杰经理首先就目前华大常用的设备做了详细的介绍，并针对设备使用中经常出现的问题做了解答。随后，针对日常维护的注意事项、应该使用的试剂、维护的频率以及长时间不使用应做的处理等做了详尽讲解。

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《病原宏基因组测序的质量管理要求》

上海市临床检验中心肖艳群主任就临床检测实验室的LDTs管理进行了详尽分析，包括项目设计与研发的基本要求、项目投入临床检测前的方法确立、方法性能的确认、规范化SOP的制定、项目投入临床检测后的质量监管等，并就目前mNGS质量管理中存在的挑战进行了展望。

此外，医院实验研究中心岳蕾博士向学员们介绍病原微生物实验室生物安全管理。医院病理分子中心江峥增、复旦大学附属精准中心张苗苗、复旦大学附属精准中心王玲燕、复旦大学附属精准中心沈琦分别分享了mNGS湿实验的质量控制、核酸提取、文库构建、DNB制备上机等流程。

医院的授课老师，教学细致认真、耐心解答；理论课堂思路清晰,环节紧凑,重难点突出，充分体现医院“严谨求实”作风；各学员学习上课的积极性和参与率高，现场讨论气氛热烈。

授课结束后，学员们进入实验室实践操作mNGS核酸提取、文库构建、DNB制备、上机等流程。学员们基础扎实，实验操作严谨认真，熟悉掌握mNGS实验操作。

针对学员们关心的报告解读问题，医院感染病科缪青博士分享了《病原宏基因测序报告解读》。缪青博士首先介绍了mNGS的诊断效能及临床价值，之后分享了mNGS报告应该如何解读，并就背景菌、定植菌、合适的标本类型等解读常见的困惑及误区进行了经验分享，最后在mNGS如何改进部分提出增加数据量以提高检测灵敏度，以及基线数据是精准解读的前提。

在之后的报告解读实践环节，缪青博士与在座的各位学员分享了不同类型报告的实际解读过程，并就学员的问题展开热烈讨论。

在“理论+实践“课程结束后，学员们进入培训考核环节。该环节结束后，培训班组织学员们参观医院中华精准中心病原微生物高通量基因检测平台，进一步了解MGISP-、MGISEQ-、PMseqDatician等PMseq病原微生物高通量基因检测专家系统，学习医院mNGS本地化的经验。

此次“干货”满满的培训班围绕着提升mNGS本地化、规范化开展能力，深入浅出地为广大学员带来了一场精彩的病原宏基因组测序理论和技能培训课程。全部学员顺利通过考核并获得“中国感染高通量测序诊断能力提升行动计划”第二批结业证书。

医院血液科程韵枫教授出席结业仪式，并代表医院授予培训合格学员结业证书。于此，本期培训班完满结束！

“中国感染高通量测序诊断能力提升行动计划”将一直秉持“健康中国”的宗旨，认真做好每一期培训，建立mNGS行业统一规范的培训机制，切实提高mNGS临床应用规范，为mNGS的本地化开展播种希望的种子，为中国临床检验事业，为中国人民的健康事业，做出应有的贡献！

目前，“行动计划”线上课程已在探微网上线，所有PIDMC的学员及对mNGS有兴趣了解学习的从业者都可以到探微网上观看。“行动计划”系列课程后续会随着专家视频录制完成不断增加，用匠心打造mNGS相关从业者的线上学堂。

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