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今天小编给大家分享一篇关于宏基因组测序技术（mNGS）在混合性肺部感染中应用的报道。该报道评估了这种方法在混合肺部感染诊断中的性能。将mNGS与基于常规实验室诊断方法的结果进行了比较，结果表明，mNGS能提高混合感染检测的效率。

研究背景

肺部感染是世界范围内感染性疾病死亡和发病的主要原因。混合肺部感染的风险更高，尤其是在免疫功能低下的患者（如血液系统恶性肿瘤患者）中。当确定两种或多种传染性病原体时，即定义为混合型肺部感染。与单微生物肺部感染患者相比，混合型肺部感染患者可能具有不同的抗生素谱图和更严重的临床表现。联合治疗具有许多潜在的副作用，因此诊断必须尽可能准确。

mNGS应用于临床实践时可以准确检测病原体。报告指出，mNGS诊断传染病的敏感性和特异性分别为50.7和85.7％。mNGS优于依赖培养物的方法，尤其是用于检测结核分枝杆菌（MTB），病毒，厌氧菌和真菌的方法。此外，mNGS受抗生素的影响较小。另外，mNGS可以改善肺活检组织中肺部感染性病原体的检测，在速度和灵敏度方面具有潜在的优势。但是，关于在混合性肺部感染中使用mNGS的报道仍然很少。

材料与方法

这项研究纳入了年7月至年3月之间收集的总共55例病例的标本。患者的肺活检和支气管肺泡灌洗液（BALF）按照标准程序通过支气管镜检查收集。每位患者均采集3至5份肺活检标本，以满足病理学和病原体检查的需要。肺活检标本在采集后2小时内送至组织病理学实验室。组织病理学实验室使用标准方法处理临床标本。一部分支气管肺泡灌洗液用于培养好氧细菌，厌氧细菌，真菌，病毒和分枝杆菌。另一部分支气管肺泡灌洗液用于XpertMTB，半乳甘露聚糖（GM）测试和涂片。革兰氏染色，KOH检测和Ziehl-Neelsen染色用于通过涂片显微镜鉴定细菌，真菌和分枝杆菌。其余标本保存在?80°C用于mNGS检测。

图1诊断流程图

研究结果

mNGS在混合型肺部感染诊断中的敏感性远高于常规检测（97.2％比13.9％；P0.01），但特异性却相反（63.2％比94.7％；P=0.07）。mNGS的阳性预测值为83.3％（95％CI，68.0-92.5％），阴性预测值为92.3％（95％CI，62.1-99.6％）。常规检测和mNGS均鉴定出5例（9.1％）为混合肺部感染，但是，这两种方法之间的病原体鉴定结果仅1例（1.8％）一致。综上所述，mNGS检出的病原体3例（5.5％）与常规检测一致，仅1例（1.8％）为混合肺部感染。根据我们的数据，与常规测试相比，mNGS在病原体检测方面具有更广的范围。特别地，mNGS的应用改善了肺部真菌感染的诊断。在55例病例中，mNGS在31例（56.4％）病例中检测和鉴定了真菌，其中只有10例（18。通过常规测试，同一真菌的阳性病例为2％。mNGS检测到的最常见病原体是在我们的研究中，人类巨细胞病毒在19例（34.5％）混合肺部感染病例中被发现。在混合肺部感染组中，最常见的副致病菌是人巨细胞病毒和肺炎肺孢菌（7例，占12.7％）。表1mNGS和常规检测在混合肺部感染诊断中的性能注：PPV阳性预测值，NPV阴性预测值，CI置信区间

mNGS与常规检测在5例（5/55=9.1％）病例中均对混合感染诊断呈阳性。仅mNGS混合感染共37例（37/55=67.3％）阳性，其中7例为假阳性。仅1例（1/55=1.8％）mNGS混合感染阴性，该病例为假阴性。在12例（12/55=21.8％）的病例中，mNGS和常规诊断测试均对混合感染的诊断均为阴性，其中之一为假阴性。

mNGS与常规检测在26例（26/55=47.3％）的病原体检测中（单一感染和合并感染）均为阳性，在4例（4/55=7.3％）的病例中均为阴性。仅通过mNGS进行的病原体检测总共有24例（24/55=43.6％）阳性，仅通过常规诊断检测，就有1例（1/55=1.8％）阳性。在26例双重阳性病例中，mNGS和常规检测的结果在3例中完全匹配，而在6例中完全不匹配。在3例完全匹配的病例中，只有1例为混合感染，其他为单一感染。剩下的17例病例被部分匹配，其中至少一种检测到的病原体在mNGS和常规检测之间重叠。

图2mNGS与常规检测之间的一致性注：A图展示了55例通过mNGS和常规检测诊断混合肺部感染的阳性分布。B图显示了55例通过mNGS和常规测试检测病原体的阳性分布。mNGS与常规检测在病原体检测中的比较

通过常规测试确定的阴性病例中mNGS的效率

28例常规测试结果为阴性，mNGS分析产生阴性结果4例，单微生物检测5例，多微生物检测19例。在24例病原体阳性患者中，mNGS鉴定出17种病原体。检出率最高的病原体是人巨细胞病毒（12例），其次是耶氏肺孢子虫（5例）、鲍曼不动杆菌（5例）和铜绿假单胞菌（4例）。

总之，对于常规检测确定的阴性病例，mNGS提高了混合型肺部感染诊断的效率。

通过常规测试确定的阳性感染病例中mNGS的效率

在常规检查中鉴定为单一感染的21例病例中，mNGS结果与2例常规检查一致，另有13项结果部分匹配，其中6例表皮葡萄球菌、鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌阳性。但是，mNGS检测到更多的病原体。mNGS补充了混合型肺部感染的诊断。

通过常规测试确定的mNGS在混合肺部感染阳性病例中的效率

在常规检查中确定为混合感染的6例中，mNGS结果与1例常规检查一致。其中4例NGS的结果和常规测试部分匹配。mNGS还检测到了烟曲霉，培养中缺乏烟曲霉的可能原因是有限的孵育时间。

即使在常规检测确定混合肺部感染的标本中，mNGS仍发挥着重要作用，因为它能够在没有任何先验假设的情况下识别常见和罕见的病原体。

在55个标本中，通过mNGS鉴定了5种常规检测未发现的病原体（脓肿分枝杆菌，根瘤菌，副流感嗜血杆菌，脓毒根瘤菌和肺炎链球菌）。在55个标本中，通过mNGS检测到的最常见病原体是人巨细胞病毒，其次是耶氏肺孢子虫，铜绿假单胞菌，鲍曼不动杆菌，肺炎克雷伯菌和烟曲霉。mNGS报告了19例（55.88％）混合感染中有人类巨细胞病毒。人类巨细胞病毒和在7例检出的多微生物肺部感染组中，耶氏肺孢子虫是最常见的同病原体。此外，人类巨细胞病毒经常与铜绿假单胞菌（4例），烟曲霉（3例），肺炎克雷伯菌（3例）和鲍曼不动杆菌（3例）同时检出。表2mNGS检测到的病原体

结论

mNGS提供了快速鉴定病原体的可能性，且无需事先假设目标。从理论上讲，给定足够长的测序长度，对微生物基因组的多次读取以及比对参考数据库，几乎所有微生物都可以唯一鉴定。这项回顾性研究首次报道了mNGS在混合肺部感染诊断中的敏感性和特异性。

mNGS可以在混合肺部感染中更早、更全面地识别病原体，从而为改善培养条件和精准治疗方案提供信息。mNGS对于混合肺部感染的准确诊断和治疗可能是一种十分有潜力的技术。

点击左下角“阅读原文”获取文献原文。提取码：8mkm

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