肺孢子菌肺炎（Pneumocystispneumonia，PCP)是一种由肺孢子菌感染的严重疾病，特别好发于免疫抑制如合并HIV感染的人群。早期的及时诊断对于PCP病人的治疗和预后格外关键。PCP的确诊主要依赖支气管肺泡灌洗液或呼吸道组织、分泌物等标本的病原学检出。Wright-Giemsa染色法是近几十年来应用最广泛的染色方法，而甲胺银、荧光染色等染色方法可进一步提高检测PCP的灵敏度。另外，血清生物标志物如β-D-glucan和S-adenosyl蛋氨酸等的检测也使得患者受益。

近期医院感染科二代测序团队在张文宏教授的指导下对肺孢子菌肺炎的检出进行了分析，研究成果已迅速被JournalofInfection杂志接收。

通过对13名患者的15个临床样本进行二代测序，检出所有13名PCP患者，其中11名为混合感染。二代测序较传统涂片和培养多检出8名PCP患者，共多检出29个病原体。除Pneumocystisjiroveci外，5名患者检出CMV，3名患者检出EBV，并且HSV1、白色念珠菌、热带念珠菌等也被检出(图B)。由于二代测序具有同时检出多个病原体的能力，因此尤其适用于免疫抑制易暴露于多个病原体感染的患者。此外，二代测序在3例血标本中检出Pneumocystisjiroveci，提示对于临床上无法耐受或是拒绝气管镜检查的病人，可能可以通过检测外周血标本来明确感染原因辅助临床决策。

同时，研究发现Pneumocystisjiroveci的检出序列数在真菌检出序列数所占比例大多超过85%(13/15)。由于混合感染的存在以及血标本中序列数较少，其中2名患者的比例较低(图A)。在图B所列此次研究检出的所有病原体中，检出序列数排名大多位于前15(35/37)。由此可见，在肺孢子菌肺炎患者中，Pneumocystisjiroveci在真菌检出序列数所占比例85%或检出序列数排名位于前15可能为PCP的检出提供较为满意的Cut-off值，让患者获得更及时的诊断和治疗。

(文献来源:Journalofinfection(),doi: